Il 22 giugno 2002 l’imprenditore romagnolo Giorgio Corbelli, per evitare una ormai più che probabile bancarotta, cedette le sue quote societarie all’industriale alberghiero Salvatore Naldi, che affidò il Napoli all’allenatore Franco Colomba. Il mediocre rendimento della squadra, che si ritrovò anche al penultimo posto in classifica, portò all’esonero del tecnico e all’ingaggio di Franco Scoglio, che lasciò l’incarico di Ct della Libia. La squadra risalì timidamente la classifica, ma poi andò di nuovo in crisi e in panchina venne richiamato Colomba, il quale riuscì nell’intento di salvare la squadra da una clamorosa retrocessione in C1 solo all’ultima giornata con un pareggio a Messina. Nella stagione 2003-‘04 le difficoltà finanziarie impedirono l’adeguato potenziamento della squadra: l’allenatore Andrea Agostinelli venne sollevato in corso d’opera per far posto al rientrante Luigi Simoni, ma il risultato fu un mediocre quattordicesimo posto.
Alla crisi di risultati si aggiunse l’ormai compromessa situazione finanziaria, che portò nell’estate del 2004 al fallimento del club e alla conseguente perdita del titolo sportivo. Dopo gli ultimi mesi di vita passati tra amministrazioni controllate e ricapitalizzazioni, molti sono gli imprenditori che, senza successo, provano a riportare il calcio a Napoli. Nel mese di agosto è però l’imprenditore cinematografico Aurelio De Laurentiis a rilevare il titolo sportivo dalla curatela fallimentare del tribunale e iscrivere la squadra, con la denominazione Napoli Soccer, al campionato di Serie C1. Nel ruolo di Direttore generale della neonata società venne scelto Pierpaolo Marino, già dirigente azzurro nella seconda metà degli anni 1980.
La società prese parte alla Serie C1. In quella stagione la squadra – costretta anche ad una campagna acquisti effettuata in tempi ristretti – terminò il girone di andata a due punti dalla zona play-off. Con gli acquisti di calciatori di buon livello come Emanuele Calaiò, Piá e Marco Capparella e in seguito all’esonero del tecnico Gian Piero Ventura (cui subentra Edoardo Reja), il Napoli arrivò terzo alla fine del campionato, ma perse la finale play-off contro l’Avellino, pareggiando 0-0 in casa e perdendo 2-1 ad Avellino. L’intera estate venne vissuta con la speranza, rivelatasi poi vana, di un ripescaggio in cadetteria. Nella stagione 2005-‘06 il Napoli ebbe un notevole avvio sia in campionato che in Coppa Italia, competizione nella quale venne eliminato solo agli ottavi di finale dalla Roma (prima aveva superato Pescara, Reggina e Piacenza). Gli azzurri vennero promossi nella serie cadetta con quattro giornate d’anticipo sulla fine della stagione regolare, con Emanuele Calaiò che si mise in evidenza segnando diciotto reti. Al termine della stagione, il 23 maggio 2006, il presidente De Laurentiis, mantenendo la promessa fatta all’atto della sua acquisizione del titolo sportivo dalle mani del tribunale, restituì al club la denominazione originaria di Società Sportiva Calcio Napoli, volutamente non utilizzata nei due campionati di terza serie. L’ultimo atto dell’annata fu la finale di Supercoppa di Serie C1 persa contro lo Spezia: nella doppia finale prevalse la squadra ligure grazie allo 0-0 interno nella gara d’andata e all’1-1 al San Paolo.
15 aprile 2006, 2-0 al Perugia nella quattordicesima giornata di ritorno del campionato di Serie C1 Questa fu la formazione schierata dal mister Edy Reja: Iezzo, Grava, Giubilato, Maldonado, Cupi (94′ Romito), Trotta (82′ Fontana), Montervino, Bogliacino, Capparella, Calaiò, Pià (58′ Sosa). I gol: 23′ Calaiò, 67′ Capparella. La gara contro gli umbri fu quella che diede, davanti a 70.000 spettatori, l’aritmetica certezza della vittoria del campionato con la conseguente promozione in Serie B con 270 minuti di anticipo.
