Franco Pancheri è nato Travagliato, lo stesso paese del Bresciano dei fratelli Baresi, il 25 gennaio 1958. Di ruolo difensore, è cresciuto nelle giovanili dell’Inter; venne inizialmente ceduto in prestito al Como e dopo due anni in riva al Lario, con una promozione dalla Serie C1 alla Serie B, tornò in nerazzurro come riserva di Roberto Mozzini e Nazzareno Canuti, e partecipò con 17 presenze alla conquista dello scudetto 1979-‘80.

Nello stesso anno debuttò nelle coppe europee in occasione della gara di ritorno valevole per i sedicesimi di finale di Coppa UEFA contro il Borussia Mönchengladbach, sfida conclusasi 3-2 a favore della squadra tedesca, schierato nel ruolo di terzino sinistro.Ceduto all’Udinese nel 1981-‘82, rimase in Friuli tre anni per essere poi approdare alla Cremonese nel 1984-‘85.

Il prosieguo della sua carriera lo vide giocare l’anno successivo nel Cesena in Serie B nel ruolo di libero. Con la squadra romagnola conquistò la promozione in Serie A nel 1986-‘87, senza venir confermato per la stagione successiva.

Scese poi di categoria giocando in Serie C1 nella Casertana, per poi passare al Trento. Nel 1990 approdò all’Aversa Normanna nella doppia veste di giocatore-allenatore.

In carriera ha totalizzato complessivamente 88 presenze in Serie A e 87 presenze in Serie B.