Fondato nel 1957, il Sant’Elena Quartu già nove anni dopo partecipò al suo primo campionato nazionale, la Serie D nel 1966-’67. Dopo la salvezza al primo anno retrocede nel suo secondo anno e rimane in Promozione (allora la massima divisione regionale) per sette stagioni. Alla settima, nel 1974-’75 arrivò prima assieme all’Arzachena, e allo spareggio promozione ebbe la meglio ritornando nei campionati nazionali. A cavallo degli anni ’70 e ’80 furono quindi i migliori anni della società quartese: disputò infatti quattro buoni campionati di Serie D, e al quinto, nel 1979-’80 vinse il girone con le altre sarde e le laziali, conquistando la prima Serie C2 della storia, diventando così in quel periodo la seconda squadra della Sardegna dopo il Cagliari, che allora militava in Serie A.
Disputò tre 3 campionati di quarta serie, e tra i suoi allenatori ci fu l’ex giocatore e campione d’Italia col Cagliari Nené ma anche l’ungherese Géza Boldizsár, il vice di Nils Liedholm alla Roma Antonio Trebiciani e il campione d’Italia con la Lazio Paolo Franzoni. Franzoni fu infatti l’allenatore della squadra nella paradossale stagione 1983-’84.
Nonostante in attacco ci fosse Emanuele Gattelli, goleador con la Pistoiese ed il Cagliari qualche anno prima, il migliore marcatore ai tempi della C fu il meno noto Mario Mureddu.
La società infatti non versava in ottime condizioni finanziarie, e l’acquisizione nell’estate da parte di una nuova cordata guidata da Guido Carlo Di Cosimo peggiorò ulteriormente la situazione. Venne utilizzata la fidejussione del campionato per coprire le prime pendenze ma ciononostante si arrivò a situazioni paradossali come l’impossibilità della fornitura di cibo nella foresteria del club e il pagamento delle trasferte con i giocatori costretti a pagarsele di tasca propria. A nulla servì il tentativo pubblico del Comune di Quartu Sant’Elena con la creazione di una srl apposita e il 31 gennaio arrivò la dichiarazione di fallimento da parte del Tribunale. Questo comportò la radiazione dopo la diciottesima giornata di campionato, prima volta in Italia
Costretta a ripartire dalla Seconda categoria e assumendo la denominazione Quartu Calcio, risalì subito, ma sempre rimanendo nei campionati regionali sotto la presidenza di Augusto Cocco e l’avvicendarsi di varie guide tecniche tra cui quella di un giovane Bernardo Mereu. Dal 1988-’89 fino al 2004-’05 rimase in Eccellenza, il massimo livello regionale, per 17 stagioni di fila con anche un play-off perso nel 1998-’99 al primo turno contro il Real Montecchio.
Da lì in poi è iniziato un calvario nel purgatorio della Promozione con annesse difficoltà logistiche: Lo stadio con annesso velodromo di Sa Forada, e la squadra giocava nell’attiguo campo sterrato, mentre lo Stadio Is Arenas, che vide la squadra in Serie C2 e poi in Eccellenza, ormai era inagibile a causa della sua travagliata vicenda che portò ad ospitare i match di Serie A del Cagliari di Massimo Cellino e poi abbandonato. Non supportati dall’amministrazione locale, nel 2019 la dirigenza decise di trasferire la società nel vicino comune di Quartucciu, da lì il Q.C.U. come abbreviazione nella nuova denominazione.
Nell’estate 2020, causa riordinamento dei campionati a causa della pandemia di coronavirus, il club ha ottenuto il ripescaggio in Eccellenza grazie al secondo posto in Promozione prima dell’interruzione, traguard che ha segnato il ritorno nella massima serie regionale dopo 10 anni.