Il Seregno, fondato nel marzo 1913, disputò diversi tornei locali prima dell’iscrizione ai campionati di Terza Categoria FIGC della stagione 1914-‘15. Alla ripresa dell’attività ufficiale, nel 1919, non si iscrisse ad alcun campionato perché non tutti i giocatori erano tornati della leva militare.
All’inizio del 1920 si arriva ad un compromesso. Fondendosi con la Labor Sportiva, società cittadina di stampo ginnico-atletico, si rinforzò notevolmente e cambiò la propria denominazione in Labor Sportiva Seregno Foot-Ball Club. Si iscrisse al campionato di Promozione con la prima squadra e a quello di Terza Categoria con la seconda squadra, e fu l’inizio di infuocati derbies con i cugini lissonesi e con la Caratese. Già diffidata nel 1920-‘21 per uno di questi incontri, nel ritorno del campionato di Promozione 1921-‘22 sul campo di Carate ebbe la peggio. Due giocatori espulsi dal campo ed i tumulti sugli spalti portarono il Comitato regionale lombardo a squalificare diversi giocatori, compresi quelli che fuori dal campo causarono degli incidenti e che la società non volle denunciare per la squalifica. La situazione fu complicata dalla partenza di alcuni militari della classe 1902 e la squadra non più al completo dette forfait a tre giornate dalla fine del campionato.
Inserita dal Compromesso Colombo in Terza Divisione fu subito protagonista. Il più grande successo fu comunque l’arrivo alla presidenza del Commendator Trabattoni all’inizio della stagione 1924-‘25. La squadra, dopo sole tre stagioni, ottenne la meritata promozione in categoria superiore, dove rimase per due stagioni per approdare poi alla Prima Divisione nord, la futura Serie C. Nella stagione 1932-‘33, in seguito alla ristrutturazione dei campionati, il Seregno fu ammesso al campionato di Serie B, nel quale militò fino alla stagione 1934-‘35, anno in cui retrocesse in Serie C.
Dopo aver sfiorato la promozione in B nella stagione 1939-‘40, fece ritorno tra i cadetti nel dopoguerra (stagione 1945-‘46). Nella stagione 1947-‘48 il Seregno lottò addirittura per la promozione in Serie A, classificandosi al quarto posto del girone A. Nella stagione successiva il club azzurro, dopo un campionato deludente, venne retrocesso nuovamente in C. Nel 1949-‘50 il Seregno si classificò al primo posto, a pari merito con il Mortara: si sarebbe dovuto disputare uno spareggio promozione tra le due squadre, cui il Mortara rinunciò dando via libera alla promozione del Seregno in B. Ma il successivo campionato 1950-‘51 si concluse con 67 reti subite e una nuova retrocessione. Nella stagione 1949-‘50 (Serie C) si mise particolarmente in mostra il ventenne Emilio Lavezzari, mediano cresciuto nelle giovanili del Seregno, che venne poi acquistato dal Milan e disputò da titolare la successiva stagione con i rossoneri, a supporto del trio Gren, Nordhal e Liedohlm. Nella successiva stagione 1950-‘51 (Serie B) il portiere era Ottavio Bugatti; ceduto alla SPAL Bugatti si mise in mostra anche nel Napoli, nell’Inter e nella Nazionale.
L’ultima apparizione del Seregno nei professionisti risale alle stagione 1981-‘82, quando i brianzoli chiusero al 17º posto, retrocedendo così in Interregionale. Da allora il club azzurro ha quasi sempre militato in Interregionale, fino alla retrocessione nel campionato regionale di Eccellenza nella stagione 2006-‘07. Dopo tre anni però, il ritorno in D, nella stagione 2009-‘10, oggi il ritorno in C.